V sekci Vzájemné zápočty se evidují vzájemné kompenzace mezi pohledávkami a závazky. Funkce vzájemných zápočtů umožňuje:
- Spárovat pohledávky a závazky mezi stejným subjektem (např. dodavatelem nebo odběratelem).
- Automaticky vyrovnat zůstatky mezi odpovídajícími doklady.
- Vystavit doklad o vzájemném zápočtu, který lze uložit, vytisknout nebo odeslat e-mailem.


- základní popis jednotlivých funkcí je rozepsán zde

Záhlaví – Obsahuje základní údaje o zápočtu, jako je číslo zápočtu, datum vytvoření, subjekt (např. název firmy) a popis. Uživatel zde vyplňuje také IČO, obchodní jméno a poštovní adresu.
Řádky – Zobrazuje jednotlivé pohledávky a závazky, které jsou součástí zápočtu.
Zúčtování – Umožňuje přiřadit zápočet k určité zakázce, středisku nebo činnosti. Lze zde také zadat účetní předpisy pro zaúčtování zápočtu.
Zápatí – Obsahuje souhrnné informace o zápočtu, jako je celková částka k úhradě po započtení, případné zůstatky nebo doplatky.
Dokumenty – Umožňuje připojit k zápočtu libovolné dokumenty (například potvrzení o započtení, korespondenci s klientem). Dokumenty lze zobrazit, stáhnout nebo upravit.